Die konstanten Strukturen der Iris, die ab dem Ende der Pubertät existieren, gelten in der Irisdiagnostik als ein Merkmal dafür, dass die Iris ein "genetischer Steckbrief", ein Hinweis auf den locus minoris resistentiae sei (dem Ort der verminderten Abwehrkraft).
Irisdiagnostiker teilen die Iris in kleine "Tortenstücke" ein. Jedes dieser Segmente soll einem bestimmten Körperteil oder Organ entsprechen. Die Partien der rechten Körperhälfte werden dabei in der Iris des rechten Auges abgebildet. Die linke Körperhälfte wird von der linken Iris repräsentiert. Die Iris wird entweder mit einer Lupe betrachtet oder fotografiert. Der Therapeut schließt aus den auffälligen Strukturen in den Iris-Segmenten auf Krankheiten der entsprechenden Organe. Herber 2008 (RCT an 29/29 Patienten) berichtet eine Sensitivität und Spezifität der Irisdiagnostik von je 50% zur Entdeckung von Kolorektalkarzinom; Munstedt 2005 berichtet eine Sensitivität von 4% zur Entdeckung eines Krebsleidens an 110 Patienten mit bekanntem Karzinom; Knipschild 1988 berichtet über einen CCT mit 39/39 Patienten und etwa je 50% Sensitivität und Spezifität zur Entdeckung von Gallenblasenerkrankungen; Simon 1979 dokumentiert in einem RCT eine nicht signifikante Fähigkeit der Irisdiagnostik, eine Nierenerkrankung zu entdecken bei 48/95 Patienten.
Ein Systematic Review (Ernst 1999) fand 4 Case-control Studien, die nahelegen, dass Irisdiagnostik KEINE valide Diagnoseart ist. Die Studiengruppe um Cho 2008, Yoo 2007 et al. untersucht Zusammenhänge zwischen genetischer Disposition und Hypertonie, vergleichend Irisdiagnostik mit genetischer Testung und kommt in den beiden zitierten und weiteren Studien an immer derselben Patientengruppe zu dem Schluss, dass Irisdiagnostik und Gendiagnostik signifikant übereinstimmen.
Für die Entdeckung von Kolorektalkarzinom, verschiedenen Karzinomarten, Gallenblasenerkrankungen und Nierenerkrankung existiert wissenschaftliche Evidenz auf Level 1 (Statistisch signifikante, randomisierte, kontrollierte Studien (Doppelblindstudien) oder Metaanalysen) nach AHA1, dass Irisdiagnostik NICHT besser als der Zufall ist.
Für den Zusammenhang zwischen Hypertonie und genetischer Prädisposition (in einer selektierten koreanischen Bevölkerungsgruppe) existiert wissenschaftliche Evidenz auf Level 4 (Historische, nicht randomisierte Kohorten- oder Fall-Kontroll- Studien) FÜR die Diagnosefähigkeit der Irisdiagnostik. Ein Drittel (Demling 2002) bis 45-47% (Donnelly 1985) von Befragten besuchten nach eigenen Angaben bereits Alternativmedizin-Anbieter und zeigen sich zufrieden mit der Kompetenz und dem Ambiente (Demling 2002). Auch viele Hausärzte (Knipschild 1990) glauben an die Wirksamkeit alternativer Heilmethoden. Die Irisdiagnostik im speziellen rangiert in diesen Befragungen jedoch im unteren Bereich der beurteilten Methoden.
Da die Irisdiagnostik ohne Gerätschaften auskommt, die vergleichbare Werte erhebt, sondern ihre Qualität ausschließlich aus der subjektiven Fähigkeit des Diagnostikers bezieht, sind entsprechende Qualitätsveränderungen je nach Tagesverfassung, Gesundheitszustand, Umwelteinfluss etc., die eine Entscheidungsfindung auf subjektiver Ebene immer beeinflussen, wahrscheinlich. Wenngleich die theoretische Möglichkeit besteht, dass einzelne Iridologen ihr Fach exzellent und relativ unbeeinflusst beherrschen, ist für eine Beurteilung als seriöse Gesundheitsleistung doch eine allgemein gültige Vergleichbarkeit anzustreben.
Von der deutschen AOK werden die Kosten einer Irisdiagnose nicht übernommen, da das Verfahren keine Rückschlüsse auf Krankheiten erlaubt und gefährliche Krankheiten übersehen werden können.